Впервые село Гагино упоминается в исторических документах под 1623–1624 годами как вотчина стольника князя Степана Ивановича Велико-Гагина под названием «Стан, Погост тож». В это время в селе действовала деревянная церковь во имя святого Димитрия Солунского. После смерти последнего представителя рода Гагиных в 1722 году село перешло во владение других помещиков.
Во второй половине XVIII века, предположительно в 1760-х годах, новый владелец села, генерал-аншеф Василий Иванович Чулков, инициировал строительство каменной церкви во имя Всемилостивого Спаса. Этот храм был выполнен в стиле зрелого барокко и представлял собой редкий для русской архитектуры пример шестистолпной базилики. Колокольня располагалась над западной частью центрального нефа.
В 1845 году рядом со Спасской церковью была возведена новая каменная церковь в честь Казанской иконы Божией Матери. Строительство осуществлялось на средства местной помещицы Екатерины Васильевны Барбашевой, урожденной Чулковой. Новый храм имел три престола: главный — в честь Казанской иконы Божией Матери, и два придела — во имя великомученика Димитрия Солунского и великомученицы Параскевы Пятницы.
Архитектурно Казанская церковь выполнена в переходных формах от классицизма к эклектике. От первоначального объема храма сохранилась центральная часть, представляющая собой четыре пилона, поддерживающие массивный световой барабан с луковичным покрытием. В куполе сохранились фрагменты масляной живописи.
В приход Казанской церкви входили несколько населенных пунктов, включая деревни Яковлево, Гальнево, Истомино, Терпигорево, Суропцево, Шеино, Путятино и сельцо Дивово. Общее число прихожан в 1885 году составляло 934 человека.
В 1898 году в Казанской церкви состоялось венчание известного русского певца Федора Ивановича Шаляпина и итальянской балерины Иолы Торнаги. Шаферами на свадьбе были композитор Сергей Рахманинов и художник Константин Коровин.
В советский период храмовый комплекс подвергся значительным разрушениям. Спасская церковь использовалась как склад химических удобрений, что привело к разрушению ее стен. Казанский храм был частично разобран на кирпич, сохранилась лишь ротонда.
В 1998 году при Казанском храме была образована православная община, а в 2002 году назначен настоятель. Начались работы по восстановлению храма. В 2005 году, к 160-летию храма, был освящен и установлен крест на купол. К 2015 году восстановлены колокольня и купол Спасской церкви, произведено оштукатуривание внутренних стен.
