Монастырь основан в 1542 году преподобным Герасимом Болдинским, который с учеником Симеоном поставил келью в 1535 году на холме у реки Бебри. В 1542 году получено благословение митрополита Макария и разрешение царя Иоанна IV на строительство храма. Первый деревянный храм освящен во имя Усекновения главы Иоанна Предтечи, что дало название обители.
В 1566 году монастырь посетил царь Иоанн IV Грозный. В 1598 году Борис Годунов пожаловал обители земельные угодья и рыбные ловли. В Смутное время монастырь неоднократно разорялся польско-литовскими отрядами. В 1630-1638 годах построен трехшатровый каменный храм Одигитрии Смоленской с приделами Иоанна Предтечи и Симеона Богоприимца.
В 1650 году возведена каменная надвратная Вознесенская церковь с трапезной. В 1739-1744 годах при монастыре действовала Крутицкая семинария, затем духовное училище. В 1812 году обитель разграблена французскими войсками. В 1832-1837 годах проведена реставрация Одигитриевского храма.
В 1918 году монастырь закрыт советской властью. В 1930-х годах храмы использовались под спичечную фабрику. В 1943-1945 годах здания пострадали в ходе боевых действий. В послевоенные годы на территории размещались пивоваренный завод, мастерские и склады.
Реставрационные работы начаты в 1976 году. В 1990 году монастырь возвращен Русской Православной Церкви. С 1995 года имеет статус женской обители. Проведены восстановительные работы храмов Одигитрии и Вознесения, колокольни и келейных корпусов.