Инициатива строительства нового храма в районе «Большая Волга» города Дубны возникла в 1996 году. Генеральный директор ООО ПК «Экомебель» Николай Иванович Захаров выступил с предложением о возведении церкви, и осенью того же года он обсудил эту идею со священником Александром Любимовым. Весной 2000 года в Дубне была сформирована инициативная группа, выступающая за строительство нового храма. Летом того же года, по благословению правящего архиерея, состоялось учредительное приходское собрание. 19 августа 2000 года, в праздник Преображения Господня, был совершен крестный ход от храма великомученика Пантелеимона к месту строительства новой церкви, где состоялась её закладка.
Проект храма был разработан московскими архитекторами Владимиром и Еленой Васильевыми. Кроме основного здания церкви, планировалось возведение крестильной часовни в честь Богоявления и приходского дома. Строительство осуществлялось отделом капитального строительства ООО ПК «Экомебель».
Весной 2003 года было завершено строительство придела во имя мученицы Татианы, и на Пасху того же года в храме была отслужена первая Божественная литургия. С этого времени богослужения в храме стали регулярными. С августа 2006 года в храме начали совершать таинство крещения детей, а при церкви заработала воскресная школа.
Архитектурно Иоанно-Предтеченский храм представляет собой кирпичное пятикупольное четырёхстолпное сооружение с боковыми галереями и шатровой колокольней, стилизованное под соборное зодчество XVII века. При храме также возведена кирпичная восьмигранная крестильная часовня в честь Богоявления.
В настоящее время Иоанно-Предтеченский храм продолжает функционировать, являясь духовным центром для жителей города Дубны и окрестных населённых пунктов. При храме действует воскресная школа, проводятся регулярные богослужения и церковные мероприятия.
