Первоначально храм был построен в 1915 году в деревне Подберезье. В 1937 году церковь была закрыта, колокола сброшены, а святыни сожжены. В 1948 году здание разобрали до основания.

В начале 1990-х годов богослужения совершались в одном из помещений психиатрической больницы № 14. Прихожане решили не ждать возведения нового каменного храма и договорились построить временную деревянную церковь. Место для строительства выделили в сосновом бору, рядом с кладбищем поселка Иваньково и села Подберезье, в полутора километрах от прежнего места. Освящение нынешнего храма, а также других деревянных построек комплекса прошло в 1997 году. Последним был освящен храм Ксении Петербуржской в 2001 году.

Архитектурно храм выполнен в стиле русского деревянного зодчества XVII века. Комплекс включает в себя храм Смоленской иконы Божией Матери и приписной храм-крестильню Ксении Петербуржской. Посетители проходят через деревянные врата с башней, что придает комплексу особый колорит и напоминает скит из далекого северного уголка России.

В настоящее время храм действует, являясь важным духовным центром для жителей Дубны и окрестностей. Он не только служит местом проведения богослужений, но и способствует сохранению традиций русского деревянного зодчества, привлекая внимание как верующих, так и ценителей архитектуры.