Село Афинеево впервые упоминается в 1358 году в духовной грамоте великого князя Ивана Ивановича Красного, сына Ивана Калиты. Название населённого пункта происходит от имени первого владельца — Афинея, у которого Иван Калита приобрёл эти земли. В первой половине XVII века Афинеево являлось вотчиной Петра Степановича Корсакова.
В 1704 году началось строительство каменной церкви в селе Афинеево. Инициатором строительства выступил Михаил Александрович Протасьев, сын Александра Петровича Протасьева, на средства которого и велось возведение храма. Строительство было завершено в 1709 году, и 4 ноября того же года были выданы два антиминса для новопостроенной церкви Иоанна Предтечи и придела Алексия Митрополита.
Архитектурно храм представлял собой здание типа «восьмерик на четверике» в стиле московского барокко. В 1779 году новый владелец села, Захар Егорович Волынский, произвёл реконструкцию храма: была заменена глава и церковь покрыта железом. В 1780-х годах храм был перестроен в стиле псевдоготики: вместо прежней колокольни сооружена новая, произведена надстройка апсиды северного придела и выстроен четырёхколонный портик. Придел святого Алексия был переосвящён в честь Казанской иконы Божией Матери.
Последним владельцем Афинеева был основатель театрального музея в Москве Алексей Александрович Бахрушин. В советское время храм не закрывался и продолжал функционировать, что является редкостью для того периода. При церкви действует воскресная школа.
