В апреле 2001 года в Апрелевке собралась первая группа православных верующих, положившая начало нынешней общине. Собрания проводились на квартирах и в домах, где читались акафисты и велась работа по регистрации православной общины. На этих встречах было принято решение о строительстве храма во имя святого пророка Божия Илии с приделами в честь Казанской иконы Божией Матери и святых Царственных Страстотерпцев. Осенью 2002 года был назначен настоятель прихода, и начались регулярные богослужения в стенах Апрелевской школы № 3.
Изначально место под строительство храма было выделено на окраине города, недалеко от станции «Победа». Однако по инициативе администрации был проведён референдум среди жителей, в результате которого 90 процентов высказались за строительство храма на месте ветхой одноэтажной школы № 1. Был создан Попечительский совет по строительству Ильинской церкви под председательством главы Наро-Фоминского района Александра Николаевича Баранова. Благодаря его авторитету начался сбор добровольных пожертвований на строительство от предприятий и частных лиц, проживающих в Москве и Московской области. С помощью ООО «Югбетонстрой» была снесена ветхая школа, благоустроено и подготовлено место для проведения службы под открытым небом.
12 июля 2004 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий совершил на месте строительства Божественную литургию и освятил закладной камень. Проект храма был выполнен архитекторами А.П. Дюковым и Б.С. Сухаревым. Внутренняя роспись в 2004–2006 годах выполнена Борисом Алексеевичем Алексеевым, а внутренний декор и иконостас — серпуховским художником Владимиром Ивановичем Ильиным.
26 марта 2006 года были освящены кресты и купола строящейся Ильинской церкви, которые установили на храм 1 апреля. 24 июня 2006 года был освящён комплект из одиннадцати колоколов, отлитых на Воронежском колокололитейном заводе, после чего колокола были подняты на звонницу колокольни. 5 августа 2006 года, в день празднования 45-летия города Апрелевки, храм был освящён митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием.
Главный придел храма освящён во имя святого пророка Божия Илии, правый придел — во имя иконы Казанской Божией Матери, нижний придел — во имя Святых Царственных Страстотерпцев. К особо чтимым святыням относятся хранящиеся в церкви иконы преподобных Саввы Сторожевского, Амвросия Оптинского, Варнавы Гефсиманского, Никандра Городноезерского, а также Матроны Московской с частицами мощей святых.
В конструктивном решении Ильинский храм сохраняет традиции древнерусской архитектуры. Это двухэтажный, трёхапсидный, одноглавый, четырёхстолпный, крестовокупольный храм с примыкающей колокольней. В нижнем приделе храма находится баптистерий для крещения взрослых полным погружением.
