Первое упоминание о церкви в Пешках относится к 1628 году, когда на этом месте была основана деревянная церковь во имя пророка Илии. В конце XIX века деревня даже именовалась Пешки-Ильинское по названию этой церкви.
В 1790-х годах на погосте была сооружена кирпичная церковь, которая впоследствии подвергалась значительным перестройкам. В 1848–1849 годах была построена новая трапезная с приделами в честь Смоленской иконы Божией Матери и святого Харалампия. В период с 1858 по 1867 годы главный храм был заново выстроен с приделами святых Адриана и Наталии, а также княгини Ольги. Эта однокупольная постройка выполнена в духе эклектики, сочетая различные архитектурные стили. В 1893–1896 годах была возведена новая многоярусная колокольня, что придало храму завершённый и величественный облик.
В годы Великой Отечественной войны, в 1941 году, здание храма было повреждено в ходе боёв. После войны, 19 октября 1951 года, Мособлсовет принял решение о сносе церкви, которая на тот момент не функционировала около десяти лет. На месте разрушенного храма в 1999–2000 годах была построена кирпичная одноглавая часовня, которая в 2002 году была перестроена в церковь.
