Церковь в селе Поварово существовала, по меньшей мере, с XV века. В 1627 году на холме над рекой Радомля стояла деревянная шатровая Рождество-Богородицкая церковь, выстроенная ещё в XV веке. После Смутного времени эта церковь стояла "без пения" и вскоре окончательно развалилась. В третьей четверти XVII века церковь была восстановлена Морозовыми и впервые вновь упоминается под 1670 годом.
В конце XVII века на средства семьи Нарышкиных вместо деревянного здания была сооружена кирпичная церковь в стиле московского барокко. Западнее церкви была поставлена колокольня, связанная с ней переходом. Двухъярусная колокольня состояла из нижнего кубического и верхнего цилиндрического ярусов и завершалась шатром с главкой. Главный престол церкви был освящён во имя Рождества Пресвятой Богородицы, а в подклете был устроен тёплый придел во имя Рождества Иоанна Предтечи.
В 1930-х годах, в период гонений на церковь, храм был закрыт и впоследствии разрушен. На его месте была построена школа, а затем детский сад.
В 2003 году на собрании жителей Поварово было принято решение о создании церковной общины и о строительстве нового храма взамен разрушенного. Поскольку место, где стояла старая церковь, было застроено, было решено построить храм на месте ранее стоявшей часовни. В 2006 году в этом храме начались регулярные богослужения, и приход стал собирать средства для строительства основного храма Рождества Пресвятой Богородицы.
Проект на строительство храма был выполнен архитектурным бюро «Рождественка». Храм спроектирован двухэтажным: нижний этаж посвящён Рождеству Иоанна Крестителя, а верхний — Рождеству Пресвятой Богородицы. В 2009 году начаты работы по строительству храма.