Основание монастыря относится к 1671/72 году, когда по царской грамоте был учреждён Спасский девичий монастырь.Инициатива создания обители принадлежала местным жителям, стремившимся обеспечить монахиням место для совместного проживания и молитвы.
Первоначально монастырь состоял из деревянной двухэтажной церкви и небольших келий для сестёр. В 1740 году Спасская церковь была перестроена в камне.
В 1764 году, в ходе секуляризационной реформы, многие монастыри были упразднены, включая Спасский монастырь. Монахини были переведены в Уфимский Христорождественский монастырь. Однако в 1775 году, по указу Святейшего Синода, монахини вернулись в Слободской и обитель была восстановлена под названием "Уфимский Христорождественский монастырь, что в г. Слободском".
В последующие десятилетия монастырь расширялся и благоустраивался. Были приобретены смежные земельные участки, построены новые кельи и хозяйственные постройки. К середине XIX века на территории обители функционировали две школы — одноклассная и двухклассная, богадельня, больница, свечной завод и различные мастерские: столярная, иконописная, рукодельная и чулочная.
Архитектурный ансамбль монастыря включал несколько храмов. Главным был двухэтажный каменный храм в честь Спаса Нерукотворного, построенный в первой четверти XVII века. В нижнем этаже находились приделы в честь Смоленской иконы Божией Матери и святой великомученицы Параскевы. В 1827 году был сооружён тёплый храм в честь Рождества Христова, к которому в 1834 году пристроен придел святителя Митрофана Воронежского. В 1899 году в новой трапезной была освящена церковь в честь иконы Божией Матери "Скоропослушница".
В 1863 году в монастырь была принесена икона Божией Матери "В скорбех и печалех Утешение", привезённая с Афона иеромонахом Паисием. От этого образа последовали многочисленные случаи исцелений, что способствовало его широкому почитанию.
После революции 1917 года монастырь подвергся закрытию. В 1920 году на его территории был организован школьный городок имени III Коммунистического Интернационала. Храмы были закрыты, часть зданий использовалась под различные учреждения, включая военные склады. В советский период многие постройки были утрачены или перестроены.
Возрождение обители началось в 2006 году, когда в монастыре была совершена первая литургия. В декабре 2009 года здания, ранее занимаемые войсковой частью, были возвращены церкви. По решению Священного Синода от 12 марта 2013 года монастырь был официально открыт.
