Первое упоминание о Никольском храме относится к 1615 году, когда он был зафиксирован в дозорной книге вятского воеводы князя Звенигородского. Изначально это была деревянная церковь, расположенная на площади. К 1629 году она пришла в ветхость и была признана непригодной для богослужений.
В 1732 году на месте старой деревянной церкви был возведен каменный храм. Согласно надписи на брусе, установленном в стене за иконостасом, церковь была освящена 9 июля 1732 года по благословению преосвященного Алексия, архиепископа Вятского и Великопермского, в царствование императрицы Анны Иоанновны. Второй престол во имя Рождества Иоанна Предтечи был освящен в 1740 году преосвященным Вениамином.
14 марта 1742 года в результате крупного пожара, охватившего почти весь Слободской, Никольский храм сгорел вместе со старой деревянной церковью и колокольней. После пожара церковь была восстановлена.
В 1894 году храм подвергся значительной перестройке по проекту архитектора И.А. Чарушина. Инициатором и основным благотворителем реконструкции был купец первой гильдии, почетный гражданин Слободского Петр Гаврилович Ончуков. После его смерти дело продолжил его сын Михаил Петрович Ончуков. Перестройка, включая внутреннюю отделку, была завершена к июню 1896 года. В результате храм стал трехпрестольным: главный престол во имя святителя Николая Чудотворца, второй — во имя Рождества Иоанна Предтечи, третий — в память Архистратига Михаила и святого благоверного князя Александра Невского.
После реконструкции храм отличался богатым убранством. В новых приделах были установлены мраморные иконостасы, иконы написаны на сусальном золоте, в окна вставлены цветные стекла. Среди особо почитаемых икон упоминались храмовые иконы святого Николая и Иоанна Предтечи, а также икона святых мучеников и исповедников Гурия, Самона и Авива.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт. Колокольня, крыльцо и купола были разрушены. С 1932 года здание использовалось как спортивная школа.
