24 июня 1996 года в Новоюжном районе Чебоксар Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, в сослужении архиепископа Чебоксарского и Чувашского Варнавы, при участии президента Чувашской Республики Н. В. Федорова, заложил первые кирпичи в основание будущего храма и освятил закладной камень. Под камень была помещена капсула с грамотой, свидетельствующей о начале строительства.
9 декабря 1996 года началось строительство временного деревянного храма, который спустя три месяца начал принимать первых прихожан. Этот храм стал первым этапом в создании полноценного церковного комплекса.
В 1997 году было начато строительство основного кирпичного храма, состоящего из двух уровней: нижнего храма, рассчитанного на более чем 400 человек, и верхнего, вмещающего более 600 человек. Архитектурный проект разработан архитектором С. Лукияновым.
В 2000 году нижний храм был освящен во имя иконы Пресвятой Богородицы «Всех скорбящих Радость». В 2004 году верхний храм был освящен в честь Новомучеников и Исповедников Российских. В 2007 году завершилось строительство колокольни, ставшей важной частью храмового комплекса.
