В середине XIX века, в 1866 году, для устройства загородного архиерейского скита был приобретен участок земли площадью 18,5 десятин, расположенный в восьми верстах от Самары, за Постниковым оврагом. К этому участку городское общество добавило еще 10 десятин выгонной земли, переданной в вечное владение архиерейскому дому. Строительство скита велось в основном на пожертвования и обошлось в 10 тысяч рублей. 17 октября 1867 года скит был официально открыт. В его состав входили деревянная церковь во имя Иоанна Предтечи, летний архиерейский дом, кельи с теплыми и холодными службами, а также сад и огород. В скиту постоянно проживали два иеромонаха и десять послушников, содержавшиеся на подаяния и доходы от ежедневных служб.
После установления Советской власти и выхода в 1918 году декрета "Об отделении церкви от государства" архиерейский дом перешел в подчинение Самарского губернского комиссариата по вероисповедальным делам. 1 сентября 1922 года загородный скит был закрыт, а на его территории разместилась трудовая колония для детей-инвалидов. В 1928 году постановлением Самарского губисполкома была закрыта домовая церковь архиерейского дома. В июле 1930 года был окончательно закрыт и сам архиерейский дом. Здание вместе с домовой церковью было передано механическому институту.
В период советской власти большинство построек загородного скита было разрушено, однако каменное здание трапезной уцелело. В 1991 году здание бывшей трапезной, принадлежавшее садово-дачному тресту, было передано верующим. В 1992 году в этом сохранившемся корпусе скита был устроен Иоанно-Предтеченский храм, названный так же, как и существовавший ранее.
В 2000 году на месте бывшего скитского кладбища был установлен мраморный памятный крест работы архитектора А. В. Урюпина. В 2002 году началось строительство Духовного центра, которое продолжается и поныне. Весной 2015 года началось строительство второго этажа второй очереди центра.
Архитектурные особенности храма включают в себя элементы, характерные для православных церквей XIX века. Здание бывшей трапезной, в котором ныне располагается храм, представляет собой каменное сооружение конца XIX века. В ходе реконструкции и адаптации здания под богослужебные нужды были сохранены основные архитектурные элементы, что позволяет ощутить дух исторической эпохи.
