История храма восходит к 1867 году, когда на территории загородного архиерейского скита была построена деревянная церковь во имя Иоанна Предтечи. Скит был основан в 1866 году на участке земли, приобретённом для размещения загородного архиерейского подворья. В скиту также были построены летний архиерейский дом, кельи с тёплыми и холодными службами, разведены сад и огород. В скиту постоянно проживали два иеромонаха и десять послушников.
В 1922 году, после установления советской власти, загородный скит был закрыт, а его территория передана под трудовую колонию для детей-инвалидов. Церковь была снесена, озеро засыпано, кладбище уничтожено. В 1980-х годах при проведении земельных работ были обнаружены остатки каменного здания трапезной. Здание бывшей церкви, принадлежавшее садово-дачному тресту, было передано верующим в 1991 году.
В 1991 году сохранившееся здание бывшей трапезной было обустроено под православный храм. Автором проекта реконструкции стал архитектор М.Б. Егоров. С 15 февраля 1992 года в храме начались регулярные богослужения. В 1998 году член Союза художников России С.Л. Щеглов оформил иконостасный ряд, а в 1999 году написал иконы для алтаря. Также он реставрировал несколько икон в средней части храма, в том числе икону Божией Матери «Иверская», написанную монахинями Иерусалимского Горненского монастыря в 1911 году. Им же храм снаружи украшен иконами, написанными на керамической плитке: над входом в церковь и на алтарной апсиде.
В 2000 году на месте бывшего скитского кладбища был установлен мраморный памятный крест авторства архитектора А.В. Урюпина. На базе Иоанно-Предтеченского храма планировалось возведение храмового комплекса, проект которого разработан архитектором А.В. Шошиным. По проекту комплекс должен включать в себя собор, крестильный храм, дом причта и административно-хозяйственные постройки. Действующий храм предполагалось использовать как крестильную церковь. Планировалось также создание небольшого озера, на берегу которого будет установлена часовня. Однако, по состоянию на 2011 год, строительство комплекса так и не начиналось.
