Первое упоминание о населении на территории современного села Вознесенье датируется 1419 годом, когда в Двинском летописце сообщается о нападении мурманов на «Адрианов берег и Яковлеву Курью». Это свидетельствует о наличии поселений в этих местах задолго до основания прихода. Согласно сохранившимся данным, первая деревянная церковь во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы была построена в 1572 году, что позволяет предположить, что приход сформировался в конце XV — первой половине XVI века.
В 1616 году на острове была возведена новая деревянная пятиглавая церковь в честь Вознесения Господня с двумя приделами: во имя Входа Господня в Иерусалим и Рождества Иоанна Предтечи. Однако в 1628 году она была уничтожена пожаром, вызванным ударом молнии. В 1635 году на её месте построили девятиглавую церковь с аналогичными приделами, которая также сгорела от молнии в 1718 году. Впоследствии, в 1726 году, была приобретена и перевезена из Холмогор деревянная церковь, освящённая в 1730 году, прослужившая до 1822 года, когда её разобрали вместе с колокольней, построенной в 1777 году.
Строительство нынешнего каменного двухэтажного храма началось в 1786 году и продолжалось до 1807 года. Верхний холодный этаж включает два престола: главный — в честь Вознесения Господня, освящённый 24 июня 1803 года, и придельный — во имя Рождества Иоанна Предтечи, освящённый 24 июня 1807 года. Нижний тёплый этаж также имеет два престола: Введенский, освящённый 21 ноября 1794 года, и Богоявленский, освящённый 24 июня 1796 года. Архитектурно храм представляет собой типичный образец северного зодчества того периода, характеризующийся массивными стенами и строгими формами.
В советский период храм подвергся значительным изменениям. Купола были демонтированы, колокольня разрушена, а здание использовалось в различных целях: здесь размещались зернохранилище, фабрика по производству гипсовых изделий и лыж, а затем Дом культуры. В ходе этих преобразований внутреннее убранство храма было утрачено, а само здание претерпело существенные изменения.
