Свято-Никольский храм в Архангельске ведет свою историю с конца XVI века, когда в 1598 году Николо-Корельский монастырь приобрел у пушкарей городское место под названием «Юрьев взвоз» для организации подворья. Территория располагалась в Стрелецкой слободе между берегом Северной Двины и Рождественским болотом, соседствуя с Михайло-Архангельским монастырем и мысом Пур-Наволок. В 1646–1647 годах здесь фиксировалось соседство подворий трех монастырей: Антониево-Сийского, Николо-Корельского и Соловецкого.
В 1719 году по распоряжению архиепископа Холмогорского и Важского Варнавы (Волостовского) на подворье была устроена деревянная часовня, куда перенесли чудотворную икону святителя Николая и Животворящий Крест, пожертвованный царем Феодором Алексеевичем. Часовня просуществовала до 1861 года, когда епископ Архангельский и Холмогорский Нафанаил I (Савченко) инициировал строительство каменного храма на месте обветшавшего здания. Освящение нового храма состоялось 6 декабря 1866 года.
К началу XX века здание вновь пришло в негодность, и в 1904 году по проекту архитектора Н.А. Каретникова был возведен ныне существующий каменный храм с приделом в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Главный престол освятили 7 ноября 1904 года, придельный — 8 ноября. Алтарная часть храма ориентирована на юг из-за особенностей расположения в периметре подворья.
В 1928 году храм был закрыт по решению советских властей, а его здание использовалось различными организациями, включая пограничный отряд НКВД. Внутреннее убранство было утрачено, а купол увенчан флюгером вместо креста. В 1992 году началось восстановление храма, и 2 октября 1994 года он был вновь освящен. К 2005 году завершилась реставрация колокольни и возвращение исторического облика.
