24 июля 1853 года в селе Ордынском Барнаульского уезда Томской губернии была заложена Никольская церковь. Строительство велось на средства прихожан и завершилось к 1863 году. Здание храма и колокольня были деревянными, установленными на каменном фундаменте. Единственный престол был освящён в честь святителя Николая Мирликийского Чудотворца. Богослужения совершал священник протоиерей Михаил Вавилов совместно с диаконом и пономарём.
28 апреля 1865 года церковь сгорела. Настоятелем в то время был священник Пётр Веленугин, а диаконом — Иоанн Никоволин. По благословению епископа Томского и Семипалатинского Петра на месте сгоревшего храма был построен новый, который освятили 14 ноября 1883 года. При храме действовала начальная министерская школа, в которой обучались 42 мальчика и 6 девочек. В 1897 году было открыто приходское попечительство, председателем которого являлся священник Евфимий Азбукин.
С 1924 по 1937 годы настоятелем храма служил протоиерей Николай Ермолов, благочинный Ордынского округа. 23 сентября 1937 года Никольская церковь была закрыта, а здание передано Ордынскому Дому культуры. В 1956 году, в связи с созданием Обского водохранилища, здание церкви перенесли из зоны затопления на улицу Маяковского, 25. До 1991 года в нём располагались районный Дом пионеров и Отдел культуры.
26 апреля 1991 года, после ходатайства прихожан православной общины, здание храма было возвращено Русской Православной Церкви. 26 декабря 1992 года епископ Новосибирский и Барнаульский Тихон освятил церковь во имя святителя Николая, благословив совершать в ней богослужения. С того времени храм вновь стал центром духовной жизни для жителей Ордынского и окрестных населённых пунктов.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание, характерное для православных церквей Сибири XIX века. Здание выполнено в традиционном стиле с характерными элементами, присущими подобным сооружениям.