Первоначальный храм был заложен 24 июля 1853 года и построен к 1863 году на средства прихожан. Здание церкви и колокольня были деревянными на каменном фундаменте. Единственный престол был освящен в честь святителя Николая, Мир Ликийских чудотворца. Богослужение совершал протоиерей Михаил Вавилов с диаконом и пономарем. Согласно данным метрической книги за 1857 год, настоятелем храма был священник Иоанн Минералов. При нём служили два диакона: Николай Евстронов и Симеон Добролюбов, а также дьячок Андрей Албихехилов. В 1861 году епископом Порфирием в священники был рукоположен Пётр Веленугин — сын дьячка.
28 апреля 1865 года Никольская церковь сгорела. Настоятелем тогда был священник Пётр Веленугин, дьяконом служил Иоанн Никоволин. По благословению епископа Томского и Семипалатинского Петра (Фёдор Алексеевич Екатериновский) на месте сгоревшего был построен новый храм, который освятили 14 ноября 1883 года. При храме имелась начальная министерская школа, в которой учились 42 мальчика и 6 девочек. В 1897 году было открыто приходское попечительство, председателем которого являлся священник Евфимий Азбукин.
С 1924 по 1937 годы настоятелем служил протоиерей Николай Ермолов, благочинный Ордынского округа. В 1937 году по ложному обвинению протоиерей Николай Ермолов был арестован и расстрелян вместе со священником Иннокентием Кикиным, настоятелем Никольского храма села Нижнекаменка. Священники были реабилитированы в 1958 году, а в 2002 году причислены к лику священномучеников Новосибирских.
23 сентября 1937 года Никольская церковь была закрыта, а здание храма передали Ордынскому Дому культуры. В 1956 году, 23 ноября, здание церкви перенесли из зоны затопления (под Обское водохранилище) на улицу Маяковского, дом 25. На месте, где раньше стоял храм, установлен памятный крест. До 1991 года в здании храма располагался районный Дом пионеров и Отдел культуры. Только 26 апреля 1991 года после ходатайства прихожан православной общины и трудами Михаила Капитоновича Голощапова решением Ордынского районного Совета народных депутатов здание дома пионеров было возвращено Русской Православной Церкви. 26 декабря 1992 года епископ Новосибирский и Барнаульский Тихон освятил храм во имя святителя Николая, благословив совершать здесь богослужения.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание на каменном фундаменте. Внутреннее убранство включает иконостас, соответствующий канонам православной церкви. На фасаде храма размещены иконы, а также имеется звонница.
