Община была основана 9 декабря 1896 года и получила свое название в честь великой княгини Елизаветы Фёдоровны, председательницы Российского общества Красного Креста.Церковь была заложена 23 июня 1899 года по проекту архитектора А. В. Кащенко и освящена 14 июня 1901 года митрополитом Антонием (Вадковским) в присутствии великой княгини Елизаветы Фёдоровны.
Архитектурный облик храма представляет собой византийскую базилику, украшенную тремя золочеными главками и красными крестами на фасаде. Церковь вмещала до 800 человек. Первый в России иконостас из «искусственного цементного мрамора замечательной белизны» в один ярус был выполнен Н. А. Поповым, иконы написал академик А. В. Троицкий. Постройка обошлась в 70 тысяч рублей, половину суммы составили пожертвования.
После революции 1917 года храм был закрыт советскими властями 6 апреля 1923 года, здание передано заводу «Промет», а в 1940 году — детской инфекционной больнице им. К. Либкнехта.
В начале XXI века здание оказалось на частной территории. В 2012 году храм был приобретен компанией «Теорема» и в 2014–2017 годах восстановлен в прежнем виде. Церкви вернули прежний облик: убрали перекрытия, делившие внутреннее пространство на два этажа, перебили окна, сделали главки с куполами и крестами.
