Церковь святителя Николая Чудотворца на Большеохтинском Георгиевском кладбище была заложена 24 августа 1812 года по инициативе купца Григория Григорьевича Никонова. Средства на строительство, включая утварь и украшения, составили 10 тысяч рублей. Храм возведен в ампирном стиле и освящен 27 сентября 1814 года во имя святителя Николая, покровителя моряков и корабелов. Первоначально церковь предназначалась для поминовения усопших членов семьи Никоновых, погребенных рядом.
В 1869-1870 годах проведен капитальный ремонт на средства купцов Елисеевых и Синебрюховых, после которого храм приобрел черты классицизма: фронтон, пилястры и плоский купол. 22 октября 1870 года состоялось малое освящение обновленного храма. В 1884 году к церкви пристроены северный Святодуховский придел и трапезная, изначально деревянные, замененные каменными в 1970-х годах.
В храме находились древние иконы Христа Вседержителя и Божией Матери «Скоропослушницы». После закрытия соседних храмов в советский период сюда перенесли чтимые образы из уничтоженных церквей Охты и Пороховых, включая икону праведного Иосифа Древодела, Смоленской Божией Матери и великомученицы Параскевы Пятницы.
В 1951 году при храме сооружена отдельная звонница, а в 1976 году расширен левый придел. Церковь является памятником архитектуры регионального значения и включена в Единый государственный реестр объектов культурного наследия. В отличие от большинства храмов Санкт-Петербурга, она не закрывалась в советский период.