В 1641 году новый владелец села, Борис Иванович Морозов, воспитатель царя Алексея Михайловича, построил на этом месте деревянную церковь. В 1646 году село приобрёл Патриарх Иосиф, и оно стало патриаршей домовой вотчиной. К 1701 году относятся описания её богатого внутреннего убранства, хотя точные сведения об архитектурном облике не сохранились.
После упразднения патриаршества село перешло в ведение Святейшего Синода, а при секуляризации церковных земель было передано в Ведомство государственного имущества. В 1762 году Успенская церковь сгорела от удара молнии. В 1768 году, по просьбе прихожан, на новом месте была установлена церковь, перевезённая из упразднённого Новинского монастыря.
Согласно некоторым данным, во время Отечественной войны 1812 года храм был разграблен и сожжён французскими войсками при захвате села Аминьево. В XIX веке на месте храма существовала деревянная часовня, которая просуществовала до 1917 года. Предположительно, она имела вид колокольни с висящими на ней колоколами.
В 1960 году, когда село Аминьево вошло в черту города Москвы, во время массовой жилищной застройки 1970-х годов, точные координаты храма были утеряны. В 1997 году православные жители района создали общину храма Успения Пресвятой Богородицы в Матвеевском и получили благословение Патриарха Алексия II на воссоздание разрушенной святыни. В 2002 году указом Святейшего Патриарха Алексия был назначен настоятель храма.
