Территория современного района Фили-Давыдково ранее включала деревню Давыдково, известную с XIV века. Название деревни, вероятно, происходит от имени владельца Давыда. В начале XX века в деревне существовала часовня, посвященная Боголюбской иконе Божией Матери, расположенная на месте нынешнего дома № 2/7 по Давыдковской улице. Часовня была приписана к Волынскому Спасскому храму. В 1930-х годах часовня была закрыта, в 1958 году в ее помещении разместили керосиновую лавку, а в 1980-х годах здание было снесено.
В июле 2014 года, в рамках Программы строительства православных храмов в Москве, были проведены общественные слушания, на которых одобрено размещение нового храма на земельном участке по адресу Давыдковская улица, владение 12. На этом месте силами общины был возведен временный деревянный храм в честь Боголюбской иконы Божией Матери, где начались регулярные богослужения.
Строительство каменного храма началось в октябре 2016 года и было завершено к концу 2020 года. Архитектурный проект разработан архитектором Т.А. Серовой. Храм выполнен в неорусском стиле и представляет собой одноглавый четверик с трифолийным завершением фасадов и высокой пятиярусной колокольней высотой 36 метров. В храмовом комплексе предусмотрены два придела: верхний — в честь Смоленской иконы Божией Матери, нижний — в честь Боголюбской иконы Божией Матери. Храм способен вместить до 800 человек.
В августе 2021 года храму был присвоен статус Главного храма Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России). 19 марта 2023 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения храма.
