История храма восходит к началу XVII века, когда в селе Братеево была построена деревянная церковь, освящённая в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Впоследствии на её месте была возведена новая деревянная церковь с колокольней на каменном фундаменте, перенесённая из села Рождествено Московского уезда. В этой церкви было два престола: главный — в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и боковой — святого мученика Власия.
27 мая 1890 года была заложена новая каменная церковь, строительство которой завершилось к середине октября того же года. Храм был построен на высоком месте за селом в византийском стиле с тремя престолами, расположенными в ряд, и обширным куполом. 3 ноября 1892 года состоялось освящение храма. Однако в 1930 году храм был закрыт и переделан под клуб, а окончательно разрушен в 1940-х годах.
4 января 1996 года был учреждён приход воссоздаваемого храма Усекновения главы Иоанна Предтечи в Братееве. Рядом с местом предполагаемого восстановления храма был построен храм-часовня Живоначальной Троицы. Закладной камень в основание нового храма был освящён 10 февраля 2010 года. Строительство храма велось в период с 2009 по 2012 год. 23 сентября 2012 года состоялось великое освящение нового храма.
Архитектурный проект храма был разработан архитекторами А.А. Анисимовым и Т.И. Ефимовой. Храм представляет собой каменную шатровую церковь, выполненную в традициях русского зодчества и напоминающую храм Вознесения Господня в Коломенском. Здание облицовано светлым кирпичом, что придаёт ему выразительный внешний облик. Для удобства лиц с ограниченными возможностями предусмотрен пандус.
Внутреннее убранство храма включает фарфоровый иконостас, изготовленный в Санкт-Петербурге в керамической мастерской «Гильдии Мастеров» Юрия Волкотруба. Интерьеры оформлены в соответствии с канонами православной архитектуры и декорированы современными мастерами.
