Деревянный храм во имя Святой Троицы в селе Красный Яр был возведен в 1868 году на средства прихожан. Церковь имела два престола: главный — в честь Пресвятой Троицы и теплый (зимний) — во имя святителя Николая Мирликийского, чудотворца. В приходе числилось 3075 человек, при храме действовала церковно-приходская школа.
Летом 1939 года храм был закрыт советскими властями и вскоре уничтожен пожаром. Обстоятельства пожара остались невыясненными. В советский период на месте храма было построено колхозное здание, которое также сгорело. Территория бывшего храма оставалась незастроенной, сохранились лишь старые деревья и следы захоронений.
В начале 1990-х годов в селе Красный Яр был возрожден православный приход. Для богослужений приходу передали здание бывшей начальной школы. В 2013 году начались работы по ремонту здания: была перекрыта кровля, заменены окна, проведен внутренний косметический ремонт. Богослужения совершаются на церковнославянском языке.
При храме действует воскресный кружок. Престольный праздник — День Святой Троицы — отмечается в восьмой день июня по новому стилю.