В начале XVII века, в период Смутного времени, соседнее село Введенское подверглось разорению со стороны польско-литовских отрядов, что привело к его запустению. В результате, деревянная церковь из села Введенского была перенесена в Холуй и к 1628 году объединилась с местным храмом под одной крышей, образовав комплекс с двумя алтарями. Таким образом, в селе Холуй появился деревянный храмовый комплекс, состоящий из Троицкого храма с приделом Флора и Лавра, и Введенского храма с Никольским приделом.
В 1650 году, согласно завещанию князя Дмитрия Михайловича Пожарского, рядом со слободой Холуй была основана Борковская пустынь. Это событие способствовало дальнейшему развитию села и укреплению его духовного значения в регионе.
К середине XVIII века, в период с 1745 по 1750 годы, на месте прежних деревянных сооружений был возведен каменный храмовый комплекс, включающий летнюю Троицкую церковь и зимнюю Введенскую церковь. Комплекс был построен на средства прихожан и представлял собой типичный образец архитектуры того времени. Введенская церковь, являясь зимним храмом, ни разу не закрывалась и оставалась действующей даже в советский период, когда многие религиозные учреждения подвергались закрытию.
Архитектурно храмовый комплекс представляет собой сочетание двух церквей, объединенных общей композицией. Летняя Троицкая церковь отличается просторным объемом и светлым интерьером, характерным для храмов, предназначенных для богослужений в теплое время года. Зимняя Введенская церковь, напротив, имеет более компактные размеры и приспособлена для проведения служб в холодный период. Внутреннее убранство храмов включает в себя старинные иконы XVI–XIX веков, среди которых особую ценность представляют уникальные дьяконские двери, не имеющие аналогов в мире.
В советский период, несмотря на антирелигиозную политику государства, Введенская церковь продолжала функционировать. Летняя Троицкая церковь в этот период не использовалась по назначению и постепенно приходила в упадок.
В постсоветское время начался процесс возрождения храмового комплекса. Были проведены реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика зданий и сохранение уникальных элементов внутреннего убранства. Особое внимание уделялось сохранению старинных икон и дьяконских дверей, являющихся важными памятниками религиозного искусства.
В настоящее время храмовый комплекс церкви Троицы Живоначальной и Введения во храм Пресвятой Богородицы в селе Холуй является действующим и продолжает служить духовным центром для местных жителей и паломников. Комплекс включен в список объектов культурного наследия и находится под охраной государства. Богослужения проводятся регулярно, поддерживая многовековые традиции православия в регионе.
