В конце XIX века братья Пётр, Александр и Василий Алексеевичи Бахрушины, известные московские промышленники и меценаты, инициировали создание сиротского приюта для мальчиков. В 1895 году они обратились к городским властям с просьбой о выделении участка земли под строительство приюта. Город предоставил участок площадью 9 десятин за Ярославской дорогой. Бахрушины пожертвовали 600 тысяч рублей на строительство и содержание приюта, из которых 150 тысяч рублей были направлены на возведение зданий и храма, а остальные средства составили неприкосновенный капитал для обеспечения деятельности учреждения.
Строительство приюта началось в 1898 году под руководством архитектора Карла Карловича Гиппиуса. Комплекс включал пять жилых корпусов, административное здание с лазаретом, столовой и квартирами для персонала. Впоследствии, на средства Веры Фёдоровны Бахрушиной, супруги Василия Бахрушина, был построен шестой жилой корпус. Здания выполнены из красного кирпича и украшены декоративными элементами, характерными для русского стиля.
Центральным элементом комплекса стал храм Живоначальной Троицы, строительство которого началось в 1900 году и завершилось в 1903 году. 18 мая 1903 года храм был освящён митрополитом Московским и Коломенским Владимиром (Богоявленским). Приделы храма были посвящены святым, в честь которых были названы родители братьев Бахрушиных: святому Алексию, человеку Божию, и мученикам Адриану и Наталии. Храм был расписан в русско-византийском стиле и богато украшен.
После Октябрьской революции приют был преобразован в детский дом имени Коминтерна. Храм был закрыт, купола и кресты демонтированы, здание подверглось перепланировке и использовалось для различных нужд, включая размещение кинозала и служебных помещений.
28 января 1999 года здание храма было передано Русской Православной Церкви. В 2000 году в нём возобновились богослужения. В ходе реставрационных работ были обнаружены и частично восстановлены оригинальные росписи, включая образ Спаса Эммануила, предположительно работы Виктора Васнецова. В настоящее время храм является действующим и продолжает служить духовным центром для прихожан.
