Село Село-Чура, известное с 1711 года, первоначально упоминалось под названиями Чура и Троицкое. С 1731 года в селе функционировал православный приход, обслуживающий местное население, преимущественно состоящее из кряшен. В 1864–1866 годах, по инициативе священника Василия Кремкова, была построена новая деревянная церковь во имя Живоначальной Троицы, заменившая обветшавший храм 1731 года постройки. Строительство осуществлялось на средства, полученные от казны, пожертвования благотворителей и вклады прихожан.
Архитектурно храм представлял собой однопрестольное деревянное здание, характерное для культовых сооружений того периода. В 1882–1888 годах в этой церкви служил известный крещено-татарский поэт Яков Емельянов.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт, а здание использовалось для различных хозяйственных нужд. В результате этого первоначальный облик церкви был значительно изменён.
В 1993 году, с изменением государственной политики в отношении религии, в храме были возобновлены богослужения, что сделало его первым в Кукморском районе, начавшим функционировать после периода закрытия. Это событие сыграло важную роль в возрождении православной жизни в регионе, привлекая верующих со всего района.
