Первоначальная церковь на этом месте, посвящённая святым Борису и Глебу, существовала, вероятно, со второй половины XIV века. Она возникла как домовый храм богатой усадьбы купцов-сурожан, прибывших из крымского города Сугдея (ныне Судак). Сурожане были одними из ведущих торговцев в древней Москве, и их присутствие в этом районе подчеркивает важность Варварки как торгового центра.
В 1434 году в этой церкви был похоронен известный московский блаженный Максим, прозванный «Нагоходцем». Его погребение рядом с храмом усилило его значение как места паломничества. В 1547 году Максим был канонизирован, и его мощи были обретены нетленными, что способствовало росту почитания святого.
В 1568 году на средства купца Василия Бобра был построен каменный храм в честь Максима Блаженного. Этот храм заменил прежнюю деревянную постройку и стал важным центром религиозной жизни района.
В 1676 году церковь пострадала от пожара, но была восстановлена благодаря усилиям царицы Натальи Кирилловны, матери Петра I. В 1698 году, на средства купцов Максима Шаровникова из Костромы и Максима Верховитинова из Москвы, было построено новое каменное здание храма. Проект включал в себя части предыдущей церкви 1568 года постройки.
Архитектура нового храма отражала тенденции конца XVII века. Он был бесстолпным, прямоугольным в плане, двусветным, с световым барабаном и луковичной главой над центральным престолом. Трёхапсидный нижний этаж использовался для хранения имущества горожан во время пожаров и бедствий. Фасад был украшен широкими оконными проёмами и ложными окнами.
После пожара 1737 года храм был обновлён в стиле барокко, что было необычно для архитектуры Китай-города. В 1827—1829 годах была построена новая двухъярусная колокольня в стиле ампир, с куполом, завершённым шпилем.
В начале XX века храм продолжал функционировать, но после революции 1917 года он был закрыт советской властью, обезглавлен и разорён. В 1965—1969 годах была проведена реставрация под руководством архитектора Сергея Подъяпольского. С 1970 года здание использовалось Всероссийским обществом охраны природы.
