Первоначально храм был построен в 1914 году Гавриилом Яковлевичем Цыбульским и назван Гавриило-Варваровским, в честь небесных покровителей самого храмоздателя и его покойной супруги. Склеп под храмом служил местом упокоения как самого Цыбульского, так и его супруги. Архитектурно здание было выполнено в новорусском стиле, характерном для начала XX века.
В советский период храм подвергся закрытию дважды, окончательно — в 1937 году. Имущество было расхищено, фарфоровый иконостас разрушен, а склеп с останками благотворителей и других керчан осквернён: кости были выброшены из цинковых гробов, направленных на переплавку. Во время Великой Отечественной войны здание пострадало от попадания снаряда, после чего было разобрано.
В начале XXI века началась инициатива по восстановлению храма. В 2003 году иерей Николай Вандышев получил распоряжение митрополита Симферопольского и Крымского Лазаря о срочном создании прихода и устроении храма на территории керченского кладбища. Были проведены работы по очищению строительной площадки, вывозу земли и мусора, заваливших подвалы. При этом тщательно собирались фрагменты человеческих костей ранее погребённых там людей, которые были помещены в две гробницы.
Из-за отсутствия исторических чертежей и фотографий воссоздать прежний облик здания было невозможно. Архитектор Владимир Николаевич Кусницын разработал новый проект, и в 2004 году началось возведение стен на укреплённом старом фундаменте. Строительные работы осуществляла керченская фирма «Альпиндустрия». Значительную помощь в созидании храма оказывали благотворители из России.
7 и 8 мая 2005 года были отслужены первые панихиды в ещё неоконченном храме. Первая Литургия была отслужена 18 июня в Свято-Троицкую родительскую субботу. Храм стал первым культовым зданием, возведённым в Керчи после революции. Своё название церковь получила в честь Гавриила — архангела Благой Вести.
К Пасхе 23 апреля 2006 года иерей Николай Вандышев был награждён камилавкой, а 19 июля официально назначен настоятелем храма Архангела Гавриила. 26 июля состоялся первый престольный праздник в воссозданном храме, однако освящение церкви митрополит отложил до полного завершения строительных и художественных работ.
