Собор Иоанна Предтечи в Керчи является одним из старейших действующих православных храмов на территории Крыма. Первые упоминания о храме относятся к VIII–XI векам, хотя точная датировка остается предметом научных дискуссий. На одной из колонн храма сохранилась греческая надпись, датируемая 752 годом, что свидетельствует о его древности. Археологические исследования подтверждают, что храм был построен на месте более ранней базилики VI века, возможно, разрушенной во время хазарского нашествия.
Архитектура храма сочетает элементы византийского зодчества: крестово-купольную структуру, чередование рядов белого камня и красного кирпича (плинфы), а также мраморные колонны с капителями коринфского ордера. В X–XIV веках храм неоднократно перестраивался, сохраняя при этом первоначальную планировку. В период генуэзского владычества (XIV–XV века) храм стал центром христианской общины, а Керченский пролив получил неофициальное название «пролив Святого Иоанна».
В XV веке, после вхождения Крыма в состав Османской империи, храм, вероятно, использовался как мечеть, о чем свидетельствуют следы штукатурки, скрывавшей христианские фрески. В XVIII веке, после присоединения Крыма к Российской империи, храм был возвращен православной общине и освящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. В XIX веке к храму были пристроены притворы и двухъярусная колокольня в неовизантийском стиле по проекту архитектора Александра Дигби.
В советский период храм был закрыт (1930-е годы) и использовался как склад, а затем как музей. Во время Великой Отечественной войны здание пострадало, но в 1960-е годы было признано памятником архитектуры и отреставрировано. В 1990 году храм возвращен Русской Православной Церкви, и в нем возобновились богослужения. В настоящее время собор является кафедральным храмом Феодосийской епархии.