В 1995 году православные жители посёлка Железнодорожный обратились к священнику с просьбой об открытии храма. 1 декабря 1995 года состоялось собрание, на котором была образована православная поселковая община. Собрание ходатайствовало о присвоении общине названия «Свято-Никольская» и выделении помещения для храма. За организацию работы и выделение временного помещения отвечал настоятель Тубинской церкви «Святой Троицы». Он внёс предложение о названии общины во имя священномученика Киприана и мученицы Иустины.
Мэр посёлка Виктор Георгиевич Гурков сразу отозвался на просьбу о выделении помещения. Он предложил на выбор три пустующих помещения: два детских сада и контору Капаевского лесопромышленного хозяйства. Помещение детского сада «Солнышко» было признано наиболее подходящим для храма. 20 мая 1997 года Дума посёлка Железнодорожный вынесла решение о передаче двух корпусов православной общине. Дума Усть-Илимского района подтвердила решение о перепрофилировании детского сада «Солнышко» под православный храм.
1 июля 1997 года священнику был выдан указ о назначении его настоятелем Прихода священномученика Киприана и мученицы Иустины. Помещение было выделено быстро, однако реконструкция затянулась из-за нехватки средств и строительных материалов. Прихожане активно участвовали в работах, предприниматель Вячеслав Алексеевич Попов предоставил пиломатериалы. Колокольню построили, а вместо колоколов использовали обрезанные кислородные баллоны разной длины.
В 1998 году на Рождество прошла первая служба. Приход священномученика Киприана и мученицы Иустины был зарегистрирован 24 сентября 1999 года. Приспособленное помещение изначально рассматривалось как временное. Мэр посёлка В.Г. Гурков помог в выборе земельного участка под строительство нового храма. В августе 2002 года было совершено освящение камня и закладка в основании будущего православного храма.
Священник приложил значительные усилия для изыскания средств на строительство. При обсуждении проекта храма с архиепископом Вадимом был предложен проект, подписанный ещё Николаем II, предназначенный для сибирской деревни, но ранее не реализованный. Первоначальный проект предполагал строительство храма в виде вытянутого корабля, что оказалось непрактичным. Проект был доработан и расписан Сергеем Вершининым, в результате чего храм приобрёл форму креста, а колокольня была приближена к основному зданию.
В 2007 году завершилось строительство храма. 28 сентября 2007 года были освящены колокола и установлены на колокольню. Колокола были отлиты специально для нового храма в городе Каменск-Уральский Свердловской области предприятием «Пятков и Кº». В состав колокольного сплава вошли колокольная бронза, медь, серебро и олово. Предприниматель А.Ю. Бухолец оплатил стоимость звонницы. На юбках больших колоколов были нанесены имена благотворителя и двух его сыновей. Самый большой колокол «Благовест» весит 746 кг, язык колокола — 46 кг, маленькие колокола — по 8 кг.
На каждом из колоколов изображены святые: икона Царской семьи на самом большом колоколе «Благовесте»; на меньшем колоколе изображён Иннокентий — первый святой Иркутской епархии; на среднем колоколе — преподобный Сергий Радонежский; икона Казанской Божьей Матери размещена на небольшом колоколе. Колокола крепятся традиционно на ленте из натуральной бычьей кожи и регулируются по сезону.
20 октября 2007 года архиепископ Иркутский и Ангарский освятил храм во имя священномученика Киприана и мученицы Иустины. Настоятель храма был награждён орденом Русской Православной Церкви преподобного Сергия Радонежского III степени.
