Посёлок Невон, основанный в XVII веке, является одним из старейших поселений казаков в Приилимье, с первым документальным упоминанием, относящимся к 1687 году. В 1877 году, 26 ноября, в Невоне был освящён молитвенный дом во имя святителя Иннокентия, епископа Иркутского, который функционировал до 1930-х годов, когда был разрушен в период антирелигиозной политики советской власти.
В 1995 году местные власти предоставили под храм часть здания бывшего детского сада. Помещение было адаптировано для богослужений, и в 1996 году, на праздник Пасхи, в нём была проведена первая служба. Однако в феврале 2000 года здание храма полностью сгорело.
После пожара было принято решение о строительстве нового храма на месте дореволюционной церкви. При проведении раскопок были обнаружены могилы нескольких монахов. Строительство нового храма затянулось на десятилетие из-за финансовых трудностей и неопределённости, связанной с возможным затоплением посёлка Невон после пуска Богучанской ГЭС. В 2011 году, на праздник Пасхи, в новом Свято-Троицком храме была отслужена первая литургия.
28 февраля 2023 года, на второй день Великого поста, в результате пожара здание храма было полностью уничтожено. Погибших и травмированных не было. Причина возгорания устанавливается. По благословению епископа Братского и Усть-Илимского Константина был открыт сбор средств на восстановление храма.
