Строительство храма было инициировано в XIX веке в связи с увеличением численности населения деревни Липсеры и потребностью в собственном месте для богослужений. Местные жители, при поддержке церковных и светских властей, приняли решение о возведении каменного храма, способного вместить всех прихожан и соответствующего канонам православной архитектуры того времени.
Архитектурное решение храма отражает традиции русской церковной архитектуры XIX века. Здание выполнено в классическом стиле с элементами барокко. Основной объем представляет собой прямоугольный четверик с пятиглавым завершением. Фасады украшены пилястрами и полуциркульными окнами с декоративными наличниками. С восточной стороны к основному объему примыкает полукруглая апсида, а с западной — притвор с колокольней, состоящей из нескольких ярусов и увенчанной шпилем. Внутреннее убранство храма включало резной иконостас и настенную роспись, выполненную местными мастерами.
В период революционных преобразований начала XX века храм продолжал функционировать, однако в 1930-х годах, в ходе антирелигиозной кампании, был закрыт. Здание использовалось для различных хозяйственных нужд, что привело к утрате значительной части внутреннего убранства и повреждению архитектурных элементов.
После окончания Великой Отечественной войны, в условиях некоторой либерализации государственной политики в отношении религии, местные жители обратились с просьбой о возвращении храма верующим. В результате, в конце 1940-х годов богослужения в храме были возобновлены. В последующие десятилетия проводились работы по восстановлению внутреннего убранства и внешнего облика здания.
В 1980-х годах, в связи с ветхим состоянием храма, были инициированы масштабные реставрационные работы. К тому времени церковь сильно обветшала: стены были повреждены, крыша протекала. Местные жители и прихожане объединили усилия для восстановления храма, проводя работы по укреплению стен, замене кровли и восстановлению внутреннего убранства.
В 1990-х годах, с началом периода религиозного возрождения в России, храм священномученика Харалампия в деревне Липсеры вновь стал центром духовной жизни местного населения. Были организованы воскресная школа для детей и взрослых, библиотека духовной литературы. При храме начали действовать благотворительные инициативы, направленные на помощь малоимущим и нуждающимся.
В начале XXI века, благодаря усилиям прихожан и местных властей, были проведены дополнительные реставрационные работы. Фасады храма были обновлены, восстановлены утраченные элементы декора, заново расписаны стены и своды. Особое внимание уделялось воссозданию исторического облика иконостаса и внутреннего убранства.
