В начале 1770-х годов на участке, где ныне находится здание, был возведен каменный дом в стиле раннего классицизма. В 1797 году здание перешло в собственность купчихи Кусовниковой, а в 1817 году было выкуплено казной для размещения Санкт-Петербургского училища глухонемых.
В 1864 году в здании была устроена домовая церковь во имя святых апостолов Петра и Павла. Архитектурные особенности храма включали традиционные элементы православного зодчества, адаптированные к интерьеру учебного заведения. Церковь служила духовным центром для воспитанников и преподавателей училища, способствуя их религиозному воспитанию.
После революционных событий 1917 года и последовавших за ними изменений в государственной политике в отношении религии, храм был закрыт в январе 1923 года. Церковная утварь и колокола были переданы на переплавку, а иконостас в 1925 году перевезен в Музей отжившего культа. Впоследствии помещение храма использовалось для различных нужд учебного заведения.
В 1990-х годах, в период возрождения религиозной жизни в России, возникла инициатива по восстановлению храма. В 1995 году в помещении бывшей церкви начались молебны, а в 1997 году была отслужена первая литургия. Несмотря на это, помещение храма официально не было возвращено верующим и продолжало использоваться университетом.
В настоящее время здание по-прежнему принадлежит Санкт-Петербургскому государственному университету, и в нем располагается музей истории университета. Вопрос о полном восстановлении храма и его возвращении верующим остается открытым.
