Первая церковь во имя святого благоверного великого князя Александра Невского была устроена в 1829 году при Институте инженеров путей сообщения Императора Александра I. Храм располагался в верхнем этаже каменного надворного строения, связанного с лицевым домом на Обуховском проспекте. Освящение совершено 6 марта 1829 года епископом Ревельским Никанором. Проект храма разработан архитекторами Жако и Антонелли, внутреннее убранство включало иконы, написанные академиком Антонелли, а также три золоченые бронзовые люстры работы мастеров Цаумана и Кордона.
В 1885 году церковь была перенесена на третий этаж и перестроена в византийском стиле по проекту архитектора А.А. Докушевского. Храм закрыт 28 октября 1918 года, а его имущество в 1922 году передано в Крестовоздвиженскую церковь. Помещение бывшего храма впоследствии использовалось под читальный зал библиотеки университета.
В 1999–2000 годах по инициативе сотрудников университета и при поддержке ректора В.И. Ковалева во дворе университета был построен новый каменный храм-часовня в честь святого Александра Невского. Проект выполнен архитектором Ю.А. Никитиным в традиционных формах с одной луковичной главкой. Освящение состоялось 1 ноября 2000 года, чин освящения совершил протоиерей Геннадий Бартов.
Престольные праздники храма связаны с памятью святого Александра Невского: 6 декабря (погребение во Владимире), 5 июня (Собор Ростово-Ярославских святых), 12 сентября (перенесение мощей в Петербург), а также переходящие праздники в честь Соборов Санкт-Петербургских, Новгородских и Владимирских святых.