В 1806 году, по инициативе императрицы Марии Фёдоровны, супруги императора Павла I, было основано Санкт-Петербургское училище глухонемых. Первоначально учреждение размещалось в Павловске, однако в 1817 году для него было приобретено здание на набережной реки Мойки, 54, в Санкт-Петербурге. В 1821 году на третьем этаже этого здания была освящена домовая церковь во имя святых апостолов Петра и Павла. Архитектурный проект храма разработал архитектор Пётр Степанович Плавов. Иконостас включал четыре иконы, написанные художником Васильевым, а запрестольный образ «Распятие» был создан глухонемым художником Степаном Сергеевым.
В 1840 году в здании училища произошёл пожар, в результате которого церковь пострадала. Богослужения временно перенесли в рекреационный зал. Восстановление храма началось в 1844 году по проекту того же архитектора Плавова. Новая церковь была освящена 14 мая 1847 года епископом Ревельским Нафанаилом. Внутреннее убранство включало ионические колонны и пилястры из искусственного жёлтого мрамора, а хоры поддерживались мощными консолями. Иконы для двухъярусного иконостаса были написаны сыном Васильева и учителем рисования Александром Ивановичем Беллером.
В 1860 году, по эскизу архитектора Михаила Андреевича Макарова, для храма был изготовлен дубовый киот, предназначенный для иконы, изображающей архангела Михаила, святую Елену, святителя Филиппа Московского и преподобного Ефрема Сирина. Эту икону пожертвовала храму императрица Мария Фёдоровна, лично вышившая для неё ризу. В начале 1860-х годов на крыше здания был установлен бронзовый крест, пожертвованный купцом А.Д. Елагиным.
После революционных событий 1917 года и последовавших за ними изменений в государственной политике в отношении религии, в 1923 году храм был закрыт, а его помещения использовались для различных нужд, включая размещение студенческого театра. В течение 73 лет богослужения в храме не проводились.
В 1996 году группа студентов и преподавателей Российского государственного педагогического университета имени А.И. Герцена инициировала процесс возрождения храма. Благодаря их усилиям, а также поддержке администрации университета и благотворителей, храм был восстановлен. В 2000 году в нём возобновились богослужения. Особенностью храма является проведение служб с сурдопереводом, что продолжает традицию, заложенную ещё в XIX веке, когда богослужебные тексты переводились на язык жестов для учащихся училища глухонемых.
