Панковка, как населённый пункт, имеет глубокие исторические корни. В 1412 году в местности Мостищи, ныне входящей в состав Панковки, был возведён деревянный храм святого Николая, а в 1448 году на его месте построили каменную церковь. Эти события свидетельствуют о давних традициях православного зодчества в данной местности.
В советский период религиозная жизнь в регионе претерпела значительные изменения. Многие храмы были закрыты или разрушены, а духовенство подвергалось репрессиям. Однако с конца 1980-х годов началось возрождение церковной жизни, что выразилось в восстановлении старых храмов и строительстве новых.
В 1983 году было принято решение о создании исправительной колонии №7 в Панковке. К 1987 году учреждение функционировало как колония строгого режима для ранее отбывавших наказание. На территории колонии были организованы различные производства, включая деревообрабатывающий цех и сельскохозяйственные участки. В этом контексте возникла идея строительства храма, который стал бы духовным центром для осуждённых и сотрудников учреждения.
Строительство церкви началось в начале 2000-х годов. Храм был возведён из дерева, что соответствует традициям русского церковного зодчества. Архитектурный облик церкви включает в себя основные элементы православного храма: алтарную часть, неф и притвор. Особое внимание было уделено внутреннему убранству, где разместились иконы и церковная утварь, необходимые для проведения богослужений.
20 августа 2003 года церковь была освящена в честь святого благоверного князя Владимира Ярославича, сына Ярослава Мудрого. Освящение храма стало важным событием для местной общины и символизировало возвращение духовных ценностей в повседневную жизнь учреждения.
С момента освящения церковь активно функционирует. В ней регулярно проводятся богослужения, исповеди и другие церковные обряды. Храм стал не только местом молитвы, но и центром духовно-нравственного воспитания для осуждённых. Здесь организуются беседы, лекции и другие мероприятия, направленные на укрепление духовности и моральных основ.