Первое упоминание о Лазаревском женском монастыре, при котором была построена деревянная церковь во имя святого Лазаря, относится к 1300 году.Однако исследование пергаменных рукописей, происходящих из этого монастыря, позволило предположить, что его основание произошло не позднее XII века.В конце XI — начале XII века при монастыре существовал скрипторий, где трудились писцы Домъка, Городен, Лаврентий, Матфей и, возможно, Бестрой.
В 1339 году в летописях отмечено чудо от иконы Пресвятой Богородицы в Лазаревской церкви: «Из обою очию яко слезы течаху». Деревянный храм монастыря пострадал от пожаров в 1384 и 1386 годах. По распоряжению архиепископа Ионы в 1461 году деревянная церковь была разобрана, и на ее месте сооружена каменная. Освящение нового храма состоялось 1 ноября 1462 года.
Каменный Лазаревский храм упоминается в Писцовой книге 1583–1584 годов, Лавочных книгах 1583 года, Росписи 1615 года и Описи 1617 года. Согласно Писцовой книге, в монастыре находились две церкви: каменная Лазаревская и деревянная теплая церковь во имя святых Иоакима и Анны с трапезной. В Росписи 1615 года отражено состояние монастыря после нашествия шведов: «Храм Лазарь Праведный разорен и пожжен».
В 1733 году при архиепископе Феофане Прокоповиче в монастыре был выстроен новый деревянный храм Иоакима и Анны. В 1764 году Лазарев монастырь был упразднен, а храм святого Лазаря обращен в приходской и приписан к Зверину монастырю. В Описи 1768 года на территории бывшего монастыря упоминаются каменный Лазаревский храм с папертью, деревянная церковь святых Иоакима и Анны и колокольня. Церковь Иоакима и Анны была разобрана в первой половине XIX века, а каменный храм святого Лазаря, пришедший в ветхость, — в 1859 или 1860 году. На его месте в 1860–1862 годах была сооружена новая церковь, восьмиугольная в плане, с эклектичным декором.
В начале 1930-х годов храм святого Лазаря был разобран. В 1993 году предпринимались попытки найти остатки церкви, однако не удалось обнаружить даже следов фундаментных рвов храма, вероятно полностью разрушенного при строительстве 1860-х годов. В 2003 году на месте бывшего монастыря контуры двух его храмов были выложены на поверхности земли с помощью валунов; линии камней гипотетически соответствуют верхним рядам церковных фундаментов.
