Село Коларово, ранее известное как Спасское, было основано в 1620 году на месте казачьей заставы, защищавшей Томск с юга. Первая деревянная церковь в селе была построена около 1644 года. Со временем она обветшала, и было принято решение о строительстве нового храма. Каменная церковь в стиле сибирского барокко была возведена на берегу реки Томи и освящена 11 июня 1799 года. Строительство длилось 16 лет.
Архитектурно храм представляет собой образец сибирского барокко конца XVIII века. Здание выполнено из кирпича, имеет кубический основной объём с восьмигранным куполом и фонариком. К нему примыкает колокольня аналогичной восьмигранной формы. Фасады украшены барочными сандриками над окнами и пилястрами на углах. Общая композиция храма напоминает Богоявленский собор в Томске.
История храма тесно связана с чудотворной иконой Спаса Нерукотворного, написанной в 1666 году томским иконописцем Герасимом Ивановым. По преданию, иконописцу было поручено написать икону святителя Николая Чудотворца, однако при написании образ трижды менялся на лик Христа, который в итоге и был дописан. Образ прославился многочисленными чудесами, и для него была устроена часовня, а впоследствии построен храм. До 1924 года ежегодно в день святых апостолов Петра и Павла совершался крестный ход с чудотворной иконой от села Спасское до Томска.
В 1924 году власти ограничили деятельность прихода Спасской церкви, а в 1930 году храм был окончательно закрыт. Тогда же исчезла почитаемая икона, местонахождение которой до настоящего времени неизвестно. В годы советской власти храм был разорён: окна и двери выбиты, купол утрачен, здание находилось под угрозой разрушения. В 1970-х годах предпринималась попытка переоборудования церкви под музей часов, однако проект не был реализован.
