Богородице-Алексиевский монастырь основан в 1605 году в 9 верстах от Томска при устье реки Большая Киргизка. Первоначально именовался Усть-Киргизским или Богородицким. В 1606 году строения монастыря были разрушены весенним ледоходом, после чего обитель перенесли на возвышенное место вверх по течению реки. В 1656 году пожар уничтожил деревянный храм, что привело к решению о переносе монастыря в Томск на Юрточную гору. Окончательное строительство на новом месте завершено в 1663 году.
В 1662 году в монастыре возведен первый деревянный трехпрестольный храм в честь Казанской иконы Божией Матери с приделами во имя преподобного Алексия, человека Божия, и мучеников Флора и Лавра. Каменный храм с теми же престолами построен в 1776-1789 годах в стиле сибирского барокко. В 1681 году монастырь принят под личное покровительство царя Федора Алексеевича. С 1695 года игумены обители получают сан архимандритов.
С XVII века при монастыре действовали первая в Томске больница и богадельня. В 1698 году открыта первая городская школа, в 1746 году - русское духовное училище. В 1764 году монастырь стал штатным третьего класса. С 1834 по 1883 год обитель служила резиденцией томских архиереев, для которых построен архиерейский дом.
В 1864 году в монастыре похоронен старец Феодор Кузьмич, впоследствии канонизированный как святой праведный Феодор Томский. В 1904 году над его могилой возведена каменная часовня. Монастырь закрыт в 1923 году, здания использовались под учебные заведения и госпиталь. В 1992 году Казанский храм и часть построек возвращены Русской Православной Церкви. В 1995 году обретены мощи святого Феодора Томского.
Архитектурный ансамбль включает Казанский храм (1776-1789), восстановленную часовню святого Феодора Томского (1996-1998), домовую церковь Трех святителей (2010) в бывшем архиерейском доме. Сохранились фрагменты каменной ограды 1830-х годов по проекту архитектора К.Г. Турского. На территории находилось монастырское кладбище, ликвидированное в советский период.