Храм Спаса Нерукотворного в Енисейске исторически связан с Спасо-Преображенским мужским монастырем, основанным в 1642 году при архиепископе Тобольском Герасиме (Кремлеве). Первоначально монастырь был освящен в честь Нерукотворного образа Спасителя. Согласно преданию, еще в 1592 году на месте будущего монастыря поселился пустынножитель инок Тимофей (Иванов), вокруг которого сформировалась небольшая монашеская община.
В середине XVIII века в монастыре началось каменное строительство. Первым каменным сооружением стал Спасский собор, возведенный в стиле сибирского барокко и освященный в 1750-х годах. В соборе хранилась местночтимая икона «Спас Нерукотворный», которая являлась главной святыней монастыря. Икона была выполнена в традиционной иконографии: лик Спасителя изображен на плате, который поддерживают два ангела. Иконографический анализ позволяет отнести ее к характерным образцам приенисейской иконописи XVIII века.
В 1780-1800 годах на территории монастыря были построены каменные Святые ворота с надвратной церковью Захарии и Елизаветы, часть ограды и настоятельский корпус. Церковь Захарии и Елизаветы, сооруженная в 1785-1790 годах, стала одной из архитектурных доминант Енисейска. В XIX веке монастырь продолжал играть значительную роль в духовной жизни региона, несмотря на сокращение штата после указа Екатерины II о «Духовных штатах» 1764 года.
В советский период монастырь подвергся значительным разрушениям. Было утрачено внутреннее убранство храмов, включая резные позолоченные иконостасы Спасского собора. Возрождение обители началось в 1990 году. К 2009 году были освящены три престола: во имя Всемилостивого Спаса, в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи и во имя пророка Илии.
Архитектурный ансамбль монастыря, включающий Спасский собор и надвратную церковь, представляет собой ценный памятник сибирского церковного зодчества XVIII-XIX веков. Стилистические особенности построек демонстрируют сочетание традиций сибирского барокко с местными архитектурными приемами.
