В 1774 году на месте современного храма была освящена деревянная церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы. В связи с ветхостью деревянного здания и ростом населения города было принято решение о строительстве нового каменного храма. Строительство началось в 1793 году по инициативе енисейских купцов Семена Михайловича и Петра Семеновича Трескиных. В 1799 году был освящен нижний теплый храм, а в 1818 году — верхний холодный храм во имя святых апостолов Петра и Павла.
В последующие годы к основному зданию были пристроены приделы: в 1827 году — во имя святителя Иннокентия Иркутского, в 1843 году — во имя святого благоверного князя Александра Невского. Архитектурно храм представляет собой двухэтажное кирпичное здание в стиле сибирского барокко с пятиглавием и четырехъярусной колокольней. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для архитектуры того периода.