История храма отражает процессы разрушения и возрождения религиозной жизни в регионе.
В конце XVIII века в селе Богдановы Колодези был построен каменный храм в честь святителя Иоанна Златоуста. Строительство было осуществлено помещиком Иваном Яковлевичем Богдановым между 1773 и 1788 годами. Храмовый комплекс включал в себя основное здание церкви, проездную колокольню с надвратной церковью в честь Смоленской иконы Божией Матери и приделами, посвящёнными святителю Димитрию Ростовскому, святителю Николаю Чудотворцу и мученице Параскеве Иконийской. Церковь была окружена каменной оградой и располагала значительным земельным наделом, включавшим пахотные земли, сенокосы и усадебную территорию. В храме находился пятиярусный резной позолоченный иконостас, а также церковная библиотека, насчитывавшая 80 томов. В 1921 году храм был закрыт и впоследствии разрушен. К настоящему времени сохранились лишь фрагменты колокольни и основания храма.
В начале XXI века, в связи с отсутствием действующего храма в селе, было принято решение о строительстве нового молитвенного дома. С 1 февраля 2010 года начались работы по восстановлению церковной жизни в селе Богдановы Колодези. Поскольку остатки каменной колокольни не подлежали восстановлению, а каменный храм был разрушен до основания, было принято решение о строительстве нового храма. Средств для строительства каменного храма не имелось. Был пожертвован сруб от здания бывшей школы из расположенной рядом деревни Алешенка. На месте полностью разрушенного храма в честь святителя Иоанна Златоуста был установлен сруб на облегченном фундаменте. К ноябрю 2010 года здание молитвенного дома было подведено под крышу. Крыша была перекрыта металлочерепицей. В 2012 году это здание было обшито металлосайдингом. В настоящее время в строящемся молельном доме в честь праведного Симеона Верхотурского совершаются молебны и панихиды.