Религиозная жизнь в станице Новопокровской берет начало с момента её основания в 1827 году. В 1833 году был построен первый храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а в 1855 году — храм Святителя Николая Чудотворца. Оба храма были разрушены в 1937–1938 годах в период антирелигиозной кампании .
Несмотря на разрушение храмов, верующие продолжали совершать богослужения в специально обустроенных зданиях. В 1946 году был приобретён деревянный дом, где проводились богослужения. К 1982 году здание обветшало, и был произведён капитальный ремонт, в ходе которого было построено новое здание площадью 163 м² .
В 1992 году было начато строительство новой церкви, однако из-за экономических трудностей строительство было приостановлено, и фундамент простоял почти 16 лет. В апреле 2011 года началось строительство нового храма Рождества Пресвятой Богородицы в центре станицы по проекту архитектора Фёдора Ивановича Афуксениди. Строительство продолжается и по настоящее время .
Современное здание храма представляет собой кирпичное сооружение с центральным престолом в честь Рождества Пресвятой Богородицы и приделом в честь святителя Николая Чудотворца. В верхней части при входе в храм расположены хоры для певчих. В цокольной части предусмотрены актовый зал, класс для воскресной школы, просфорня и трапезная .