Станица Ильинская была основана в 1798 году переселенцами из Воронежской губернии, включавшими выходцев из сел Завертье, Синие Лепяги и Богусловка. В 1803 году селение вошло в состав Кавказского казачьего полка, а в 1832 году получило статус линейной станицы и было причислено к старой линии Кавказского линейного войска. В административном отношении станица относилась к Кавказскому отделу Кубанской области.
Покровская церковь в станице Ильинской была построена в 1824 году. Храм был кирпичным, оштукатуренным снаружи и внутри. В архитектурном отношении сооружение представляло собой характерный образец храмовой постройки первой половины XIX века, распространенной в казачьих станицах Северного Кавказа. По штату при храме состояли два священника, диакон и два псаломщика.
При церкви действовала церковно-приходская школа для девочек, размещавшаяся в церковном здании. Кроме того, в станице существовали три министерских одноклассных училища, одно из которых предназначалось для иногородних. По данным на 1911 год, в приходе Покровской церкви насчитывалось 5213 прихожан, включая 6 раскольников и 21 армяно-григориан. За год в приходе фиксировалось 465 рождений, 51 брак и 278 смертей.
Вторым храмом станицы являлась Ильинская церковь, построенная в 1900 году. Это было деревянное сооружение с приделом в честь святого Николая Чудотворца. Оба храма функционировали параллельно, образуя в станице два отдельных прихода. По сведениям 1911 года, общее население станицы составляло 10993 человека, проживавших в 1807 дворах.
В советский период Покровская церковь, как и большинство культовых сооружений, была закрыта. Точная дата закрытия не установлена, однако известно, что к 1960-м годам здание храма уже находилось в утраченном состоянии. Сохранилась фотография 1960 года, зафиксировавшая остатки церковного сооружения. Исторические источники не содержат сведений о дальнейшей судьбе храма и возможности его восстановления в постсоветский период.