Станица Калниболотская была основана в 1794 году черноморскими казаками и стала одним из первых сорока куренных поселений на Кубани. В 1796 году, по благословению епископа Феодосийского и Мариупольского Иова, началось строительство первой деревянной церкви во имя святого Георгия Победоносца. К январю 1799 года в этом храме уже проводились богослужения. Этот храм входил в число первых четырнадцати храмов Черномории. На средства жителей станицы он перестраивался и достраивался. Было построено новое здание в 1817 году, затем к нему пристроили колокольню, а в 1872 году построено здание с приделом во имя святого Николая Чудотворца. При церкви функционировали две церковно-приходские школы: для одной было построено специальное здание, вторая размещалась в доме причта.
К началу XX века население станицы значительно возросло, и в 1909 году оно составляло более 11 тысяч человек. В связи с этим возникла необходимость в строительстве ещё одной церкви. Решено было возвести храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Закладка нового храма состоялась 23 мая 1910 года, а уже 9 сентября 1913 года он был освящён и открыт для богослужений. Население станицы к тому времени превышало 12 тысяч жителей.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советской власти, оба храма в станице Калниболотской были закрыты и впоследствии полностью разрушены. Строительные материалы и имущество церквей были разобраны и использованы для других нужд. Во время немецкой оккупации, в период Великой Отечественной войны, верующие использовали для богослужений здание бывшей церковно-приходской школы. После освобождения станицы это здание начали использовать для других целей, включая размещение больницы, и верующие стали арендовать другие помещения для проведения служб. В 1965 году приход в станице Калниболотской был официально закрыт.
В 1991 году в станице был вновь образован приход Свято-Георгиевского храма, которому было передано здание бывшего детского сада. Однако в 1997 году, после престольного праздника, это здание сгорело, и общине вновь было предоставлено здание бывшей больницы (ранее церковно-приходской школы). В 2006 году был заложен камень в основание нового храма, и начат сбор средств на его строительство. Проект храма был разработан архитектором В.И. Лещенко и передан землякам-калниболотцам в качестве дара. К настоящему времени возведены фундамент и цокольный этаж нового храма.
