В XVII веке в селе существовала деревянная церковь Святителя и Чудотворца Николая. В 1646 году княгиня Анна Мезецкая передала её в пользование Троице-Сергиеву монастырю. В начале XVIII века в селе также имелась деревянная церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы, о чём свидетельствует надпись на Постной Триоди 1684 года. Обе деревянные церкви просуществовали до конца XVIII века.
В 1799 году, по благословению епископа Виктора (Онисимова), началось строительство каменной церкви Рождества Пресвятой Богородицы. Строительство завершилось в 1804 году, и храм был освящён. В 1825 году при храме была построена каменная колокольня, а в 1870 году вокруг храма возведена кирпичная ограда с башенками и воротами.
В 1818 году при храме открылось приходское училище, в котором обучались дети местных жителей. В конце XIX века церковь владела земельными участками, в том числе пахотной землёй, и имела причт, состоящий из двух священников, диакона и двух псаломщиков.
В 1913 году в храме служил Макарий (Невский), будущий митрополит Московский и Коломенский, родившийся в Шапкине. В 1928—1929 годах священником был Зосима Пепенин, расстрелянный в 1937 году за "антисоветскую монархическую агитацию". В 2000 году оба были причислены к лику святых новомучеников и исповедников Российских.
В 1937 году священник Стефан Преображенский был приговорён к десяти годам заключения и скончался в лагере. В 2000 году он также был причислен к лику святых.
Архитектурный ансамбль храма включает трёхсветный объём в стиле классицизма, увенчанный пятиглавием, и четырёхъярусную колокольню. Внутреннее убранство содержит росписи второй половины XIX века и иконостасы начала XIX века. Церковь окружена каменной оградой с кладбищем, на котором сохранились надгробия XIX—начала XX века.
