Первое упоминание о Колодозере относится к 1496 году, когда эти земли входили в состав Обонежской пятины Новгородской земли. В писцовых книгах указано 49 деревень в волости Марфинская Исаковы на Колодозере. Регион находился на важном водном пути из Водлы в Онегу через систему рек и волоков, что способствовало его заселению.
В 1784 году на полуострове южного берега Колодозера в деревне Погост была построена деревянная шатровая церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Храм представлял собой восьмерик на четверике с четырехгранным алтарем, покрытым бочкой. Имелся теплый придел во имя Святителя Николая Чудотворца. Рядом находилась шатровая колокольня XVIII века высотой около 13 метров.
В 1862-1864 годах церковь была обшита тесом и поставлена на новый каменный фундамент. В 1899 году проведен ремонт: крыша окрашена медянкой, стены - белилами, полы - охрой. По данным страховой оценки 1910 года, длина храма составляла 14 саженей 12 вершков, высота до верхнего карниза в теплой церкви - 3,5 сажени, в холодной - 6 саженей. Шатер имел высоту 16 саженей.
В 1936 году храм был переделан под клуб: снесены восьмерик с шатром, главки над трапезной и алтарем, уничтожен иконостас. Колокольня была разобрана в 1930-х годах. В 1947 году архитекторы А.В. Ополовников и В.В. Толкушкин провели обследование памятника, зафиксировав сохранность общей планировки и части интерьеров.
В 1977 году церковь полностью сгорела. От всего храмового комплекса сохранились лишь деревянная ограда с воротами и торговыми лавками конца XVIII века, которые являются объектами культурного наследия регионального значения.
В начале 2000-х годов на историческом месте была построена новая деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы, освященная в 2005 году. Храм воспроизводит основные архитектурные формы утраченного памятника.
