Первоначальное строительство храма датируется XIX веком. В 1907 году здание церкви было уничтожено пожаром. Впоследствии, после 1917 года, храм был восстановлен, что не являлось редкостью для храмов Каргополья того периода. К 1927 году церковь вновь функционировала и принимала прихожан.
В 1930 году храм был закрыт в рамках антирелигиозной политики советского государства. Закрытие сопровождалось протестами местных жителей, что привело к репрессиям в их отношении. Впоследствии здание церкви было уничтожено пожаром.
В 2011 году на месте утраченного храма была построена деревянная часовня во имя преподобного Кирилла Челмогорского. Часовня представляет собой четверик под двускатной кровлей с главкой и открытым крыльцом.
Рядом с часовней установлен мемориал с памятной плитой, изготовленной из камня, ранее служившего частью фундамента разрушенной церкви. На плите высечены имена жителей Печниково, подвергшихся репрессиям за веру. 14 ноября 2012 года, в день памяти святых Космы и Дамиана, памятная плита была освящена.