Каменный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы в селе Бердюжском был возведен в 1843 году на средства прихожан. Архитектурное решение выполнено в стиле сибирского барокко, что характерно для культовых сооружений Тобольской епархии того периода. Храм имел три престола: центральный - в честь Рождества Пресвятой Богородицы, северный - святителя Николая Мирликийского, южный - пророка Илии.
Приход храма включал село Бердюжье и шесть окрестных деревень. В 1890-х годах наиболее отдаленное поселение находилось в 30 верстах от храма. К 1910-м годам в приходе оставались деревни Гагарушка (3 версты) и Заозерка (1 верста). Деревни Воробьева и Старорямова были выделены в самостоятельный приход в 1908 году.
В 1893 году при храме была открыта школа грамоты в деревне Воробьевой, в 1897 году - в деревне Старорямовой, в 1898 году - церковно-приходская школа в самом селе Бердюжье. Последняя впоследствии была преобразована во второклассную школу, готовившую учителей для церковных школ грамоты. С 1897 года при храме действовало церковно-приходское попечительство.
По штату 1895-1901 годов причт состоял из двух священников, диакона и двух псаломщиков. В 1908 году второй штат священника и псаломщика был упразднен. На церковные средства в 1900, 1907 и 1909 годах были построены дома для причта.
Храм был полностью разрушен в 1930-е годы. В 1937 году из кирпича разрушенного здания было построено двухэтажное школьное здание. В апреле 1996 года началось строительство новой деревянной церкви на историческом месте. Малосвящение храма совершено 20 сентября 1998 года, на следующий день была отслужена первая Божественная литургия.
В 2012 году при храме было организовано общество трезвости в честь мученика Вонифатия Тарсийского. Деятельность общества включает чтение акафистов по четвергам, организацию постов трезвости, показ тематических фильмов, работу с учащимися местной школы и неблагополучными семьями.