Первый храм во имя Рождества Пресвятой Богородицы был основан в Берёзове в 1593 году, став первой православной церковью на Обь-Иртышском Севере. Это было деревянное сооружение, которое несколько раз подвергалось пожарам и восстанавливалось. В 1729 году, по преданию, светлейший князь Александр Данилович Меньшиков, находясь в ссылке в Берёзове, построил новый деревянный храм с приделом святого Ильи Пророка. Меньшиков лично участвовал в строительстве и впоследствии был похоронен близ алтаря этой церкви.
В 1764 году этот деревянный храм сгорел. В 1765 году, по благословению тобольского митрополита Павла Консюкевича, на том же месте началось строительство каменной церкви. Строительство продолжалось более двух десятилетий, и в 1786 году храм был освящён во имя Рождества Пресвятой Богородицы с приделом святых Антония и Феодосия Печерских. Возведение храма осуществлялось на средства отставного унтер-офицера Даниила Афанасьевича Кинкорова и пожертвования прихожан.
Архитектурно храм представлял собой каменное здание с двумя главами, покрытыми листовым золотом, и третьей, окрашенной зелёной краской. Колокольня имела шесть медных колоколов и была увенчана позолоченным железным крестом. Особенностью колокольни был железный архангел, который, будучи закреплён у основания креста, вращался при порывах ветра.
В конце XIX века в храме имелось два престола: главный — в честь Рождества Пресвятой Богородицы и придельный — во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских. При храме хранились книги, некоторые из которых были напечатаны во времена правления императрицы Елизаветы Петровны, включая труды по истории христианского просвещения Сибири.
В советский период храм был закрыт в 1927 году, его имущество конфисковано, а здание использовалось для различных хозяйственных нужд: в нём размещались пекарня, а затем автоматическая телефонная станция. В 1970-х годах здание пустовало, приходя в упадок.
В 1991 году в Берёзове была зарегистрирована православная община, которая добилась передачи ей здания храма. В 1996 году, при содействии местной администрации и предприятий, начались восстановительные работы. К 2004 году основные реставрационные мероприятия были завершены, и храм вновь открыл свои двери для прихожан.
